中心主任由项目首席魏一鸣教授担任，项目学术方向带头人为中心副主任。根据研究方向，中心设五个研究室：能源经济与安全研究室（北京理工大学牵头）、能源供应转型研究室（华中科技大学牵头）、区域与行业减排路径优化研究室（北京理工大学牵头）、气候与环境风险评估研究室（南京大学牵头）、全球气候政策设计和模拟研究室（北京理工大学牵头）。各方向带头人负责落实所在方向具体研究内容、方案设计与实施，及人才培养、学术交流、社会服务等工作。科学中心成员由项目参与人组成。科学中心设办公室，协助主任负责科研管理与学术交流等日常事务。

科学中心拟聘用由国内外战略科学家、顶尖学术专家、国家高端智库资深决策咨询专家等组成的学术委员会，对科学中心的发展战略与规划、组织结构与研究方向、重大学术活动等做出指导。